¿Puede Hacienda comprobar saldos pendientes de compensación generados en períodos prescritos?
La prescripción de un período tributario no siempre significa que todo lo sucedido en él quede definitivamente fuera del alcance de Hacienda.
Cuando un contribuyente arrastra a ejercicios posteriores un crédito fiscal —por ejemplo, un saldo de IVA pendiente de compensación—, ese crédito continúa produciendo efectos sobre períodos que todavía pueden ser comprobados y regularizados. En tales casos surge una cuestión especialmente relevante:
¿Puede la Administración revisar el origen y la cuantía de un saldo generado en un período respecto del cual ya ha prescrito su derecho a liquidar?
La respuesta ofrecida por el Tribunal Supremo en su Sentencia 988/2026, de 23 de julio, es afirmativa, aunque con límites: Hacienda puede comprobar esos saldos cuando se apliquen en períodos posteriores no prescritos y su verificación resulte necesaria para determinar correctamente la obligación tributaria correspondiente a estos últimos.
La clave está en distinguir dos potestades diferentes: el derecho a liquidar un período y la facultad de comprobar un crédito fiscal que continúa desplegando efectos en períodos posteriores.
Prescripción del derecho a liquidar y facultad de comprobar no son lo mismo
El artículo 66.a) de la Ley General Tributaria establece que prescribe a los cuatro años el derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la correspondiente liquidación.
Una vez transcurrido ese plazo, Hacienda ya no puede practicar una liquidación correspondiente al período prescrito. No puede exigir una deuda adicional por ese ejercicio ni modificar directamente el resultado de su autoliquidación.
Sin embargo, esto no significa necesariamente que la Administración haya perdido cualquier posibilidad de examinar hechos, operaciones o créditos fiscales originados en ese período.
El artículo 66 bis.1 LGT dispone expresamente que la prescripción de los derechos regulados en el artículo 66 no afecta, con carácter general, al derecho de la Administración a realizar comprobaciones e investigaciones conforme al artículo 115 LGT.
Por tanto, deben separarse dos cuestiones:
Hacienda no puede volver a liquidar el período prescrito.
Hacienda sí puede, en determinadas circunstancias, comprobar un elemento nacido en ese período cuando continúe produciendo efectos en otro período no prescrito.
Esta diferencia constituye el punto de partida de la STS 988/2026.
¿Qué permite comprobar el artículo 115 LGT?
El artículo 115.1 LGT permite a la Administración comprobar e investigar los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones, negocios, valores y demás circunstancias determinantes de una obligación tributaria.
Además, contempla expresamente que estas actuaciones puedan afectar a ejercicios, períodos o conceptos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, siempre que la comprobación resulte necesaria en relación con obligaciones o derechos todavía no prescritos.
En particular, Hacienda puede examinar operaciones realizadas en períodos prescritos cuando deban producir efectos fiscales en períodos posteriores todavía abiertos a regularización.
La prescripción, por tanto, no constituye un obstáculo absoluto para toda actividad comprobadora. Impide liquidar el período prescrito, pero no necesariamente examinar los elementos nacidos en él que se proyectan sobre ejercicios posteriores.
Esta facultad general encuentra, no obstante, un régimen específico cuando lo que se comprueba son bases, cuotas o deducciones compensadas, pendientes de compensación, aplicadas o pendientes de aplicación.
El plazo especial de diez años del artículo 66 bis LGT
El artículo 66 bis.2 LGT establece un plazo especial de diez años para que la Administración inicie la comprobación de:
Bases compensadas o pendientes de compensación.
Cuotas compensadas o pendientes de compensación.
Deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.
El plazo se cuenta desde el día siguiente a aquel en que finalizó el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación correspondiente al ejercicio o período en el que se generó el derecho.
Nos encontramos, por tanto, ante dos plazos distintos:
Potestad administrativa | Plazo |
Liquidar el período en el que se generó el crédito fiscal | Cuatro años |
Iniciar la comprobación de determinadas bases, cuotas o deducciones trasladadas a períodos posteriores | Diez años |
El plazo de diez años no amplía el plazo para liquidar el ejercicio de origen. Una vez transcurridos cuatro años, ese período continúa prescrito y no puede ser objeto de una nueva liquidación.
Lo que permite el artículo 66 bis es comprobar el crédito fiscal que el contribuyente pretende aprovechar en otro período todavía no prescrito.
El problema particular de los saldos de IVA
La controversia resuelta por el Tribunal Supremo presentaba una particularidad terminológica.
El artículo 66 bis.2 LGT se refiere a “bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación”. Sin embargo, en el funcionamiento del IVA, lo que normalmente se traslada de un período a otro no se denomina estrictamente “cuota pendiente”, sino saldo resultante del exceso de las cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.
Cuando las cuotas deducibles superan a las devengadas, el contribuyente obtiene un saldo a su favor que puede compensar en autoliquidaciones posteriores o, cuando proceda, solicitar en devolución.
La empresa recurrente sostenía que esos saldos de IVA no estaban comprendidos en el artículo 66 bis.2 LGT. A su juicio, una vez prescrito el período en el que se había generado el saldo, este debía considerarse firme, sin que Hacienda pudiera volver a analizar las operaciones que lo originaron.
El Tribunal Supremo rechaza esta interpretación.
El saldo pendiente de compensación es un crédito fiscal
Para el Tribunal Supremo, la cuestión no puede resolverse atendiendo exclusivamente al nombre utilizado por la normativa del IVA.
Aunque técnicamente se hable de un “saldo” y no de una “cuota pendiente de compensación”, su naturaleza económica y funcional es la de un auténtico crédito fiscal.
Ese saldo:
Se genera en un determinado período.
No se utiliza íntegramente en ese momento.
Se traslada a períodos posteriores.
Reduce la cantidad que debe ingresarse en una futura autoliquidación.
Puede influir directamente en la deuda correspondiente a un período no prescrito.
Por ello, los saldos de IVA pendientes de compensación quedan incluidos en el régimen especial del artículo 66 bis LGT.
Una interpretación exclusivamente literal produciría, según el Tribunal, una diferencia difícilmente justificable: las bases imponibles negativas y determinadas deducciones podrían comprobarse durante diez años, mientras que los saldos de IVA quedarían automáticamente blindados al cumplirse cuatro años desde el período en que se generaron.
La doctrina fijada por la STS 988/2026
La STS 988/2026, de 23 de julio, establece como doctrina jurisprudencial que, después de la reforma introducida por la Ley 34/2015, la Administración puede comprobar en el IVA:
Los saldos pendientes de compensación.
Los excesos de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.
Esta facultad alcanza a saldos generados en períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar, siempre que concurran las siguientes condiciones:
Que los saldos se apliquen en períodos posteriores no prescritos.
Que la comprobación de su realidad y cuantía resulte necesaria para regularizar esos períodos posteriores.
Que la actuación se ajuste a los límites temporales y procedimentales del artículo 66 bis LGT.
La sentencia no permite a Hacienda liquidar nuevamente el período prescrito. Lo que permite es comprobar si el crédito fiscal trasladado al período abierto existía realmente y si su cuantía era correcta.
El caso analizado por el Tribunal Supremo
El procedimiento afectaba a una sociedad inspeccionada por el IVA correspondiente a los años 2015 a 2018.
Durante las actuaciones se produjo la prescripción del derecho a liquidar los tres primeros trimestres de 2015, pero no la correspondiente al cuarto trimestre del mismo año.
La sociedad había incorporado al cuarto trimestre un saldo pendiente de compensación procedente de períodos anteriores. Sostenía que, al haber prescrito los tres primeros trimestres, Hacienda ya no podía examinar ni modificar el saldo arrastrado desde ellos.
El Tribunal Supremo considera, por el contrario, que la prescripción impedía liquidar nuevamente esos trimestres, pero no comprobar el crédito fiscal que continuaba produciendo efectos en el cuarto trimestre de 2015.
Si Hacienda estuviera obligada a aceptar sin comprobación cualquier saldo trasladado desde un período prescrito, ese crédito se convertiría en intangible precisamente cuando comenzara a aplicarse en períodos todavía abiertos a regularización.
¿Puede Hacienda modificar un período prescrito?
No directamente.
La Administración no puede practicar una liquidación del período de origen si ya ha prescrito su derecho a hacerlo. Tampoco puede exigir una deuda correspondiente a ese período.
Sin embargo, sí puede extraer consecuencias sobre el período posterior no prescrito en el que se utiliza el crédito fiscal.
Por ejemplo, si una sociedad aplica en una autoliquidación abierta a comprobación un saldo de 50.000 euros procedente de un período prescrito y la Inspección acredita que únicamente estaban justificados 30.000 euros, podrá regularizar la autoliquidación no prescrita reduciendo el saldo aplicado.
La liquidación recaerá sobre el período posterior, no sobre el período prescrito.
Un ejemplo práctico
Una empresa declaró en el cuarto trimestre de 2021 un exceso de IVA soportado de 40.000 euros y optó por dejarlo a compensar.
En 2026 aplica parte de ese saldo para reducir el IVA que debe ingresar.
Aunque cuando se inicie la comprobación haya prescrito el derecho de Hacienda a liquidar el cuarto trimestre de 2021, el crédito fiscal continúa produciendo efectos en la autoliquidación de 2026.
Dentro del plazo del artículo 66 bis.2 LGT, la Administración podrá solicitar las facturas, libros registro y demás justificantes relativos a aquel saldo para comprobar:
Si las cuotas fueron efectivamente soportadas.
Si las facturas cumplen los requisitos exigibles.
Si los bienes o servicios estaban afectos a la actividad.
Si existía derecho a la deducción.
Si se aplicó correctamente la prorrata.
Si el saldo ya había sido compensado o solicitado en devolución.
Si existe una adecuada trazabilidad entre el saldo generado y el posteriormente aplicado.
Si parte del crédito no resulta acreditada, Hacienda podrá corregir su aplicación en el período no prescrito.
El alcance del procedimiento también importa
La facultad de comprobación no puede ejercerse de cualquier manera.
El artículo 66 bis.2 LGT establece que, en los procedimientos de inspección de alcance general correspondientes a obligaciones y períodos no prescritos, se entenderá incluida la comprobación de todas las bases, cuotas o deducciones pendientes cuyo derecho a comprobar no haya prescrito.
Fuera de ese supuesto, la Administración debe mencionar expresamente en el objeto del procedimiento:
Que se comprobarán esos créditos fiscales.
Los ejercicios o períodos en los que se generaron.
Los saldos, cuotas, bases o deducciones que serán examinados.
Por tanto, ante una comprobación de esta naturaleza no basta con analizar el plazo de diez años. También debe revisarse la comunicación de inicio y el alcance formal de las actuaciones.
Una comprobación realizada sin que el crédito fiscal se encuentre incluido en el objeto del procedimiento podría ser discutible, especialmente cuando no se trate de una inspección de alcance general.
Hacienda no dispone de una facultad ilimitada
La sentencia no reconoce una potestad de comprobación indefinida.
En estos supuestos operan varias limitaciones:
La Administración no puede liquidar el período de origen ya prescrito.
El saldo debe proyectarse sobre un período posterior no prescrito.
Su comprobación debe ser necesaria para determinar correctamente la obligación tributaria de ese período.
El procedimiento debe respetar el alcance exigido por el artículo 66 bis.2 LGT.
La comprobación del crédito fiscal debe iniciarse dentro del plazo especial de diez años.
La regularización solo puede realizarse en un procedimiento relativo a obligaciones y períodos cuyo derecho a liquidar no haya prescrito.
No sería suficiente invocar genéricamente que un hecho antiguo puede tener alguna trascendencia tributaria. Debe existir una conexión real entre el elemento comprobado y la obligación tributaria no prescrita.
¿Qué sucede cuando ya han transcurrido diez años?
Transcurrido el plazo del artículo 66 bis.2 LGT, prescribe el derecho de la Administración a iniciar la comprobación material de las bases, cuotas o deducciones a las que se refiere ese precepto.
Sin embargo, el apartado 3 introduce una precisión importante: esta limitación no elimina la obligación del contribuyente de aportar las liquidaciones o autoliquidaciones en las que se consignaron los créditos fiscales y la contabilidad correspondiente cuando se compruebe el período no prescrito en el que se aplicaron.
Por tanto, incluso transcurridos diez años, el contribuyente debe poder demostrar la procedencia declarativa y contable del saldo aplicado.
Debe distinguirse entre:
Comprobar nuevamente la realidad material de las operaciones que originaron el crédito, facultad sometida al límite de diez años.
Exigir que el contribuyente acredite la procedencia, trazabilidad y correcta aplicación del saldo en el período no prescrito.
Esta diferencia puede ser decisiva en una inspección.
La carga de conservar la documentación
La doctrina del Tribunal Supremo tiene una consecuencia práctica clara: no siempre es suficiente conservar la documentación tributaria durante cuatro años.
Cuando existan créditos fiscales pendientes de utilización, resulta recomendable mantener, al menos:
Autoliquidaciones del período de origen.
Modelos-resumen o declaraciones informativas relacionadas.
Libros registro de facturas expedidas y recibidas.
Facturas completas.
Justificantes de pago.
Contabilidad y mayores de las cuentas correspondientes.
Conciliaciones entre contabilidad, libros fiscales y autoliquidaciones.
Cuadros de generación, consumo y saldo pendiente.
Documentación sobre afectación a la actividad.
Cálculos de prorrata o regularización de bienes de inversión.
Resoluciones administrativas que hubieran reconocido o modificado el crédito.
La documentación debería conservarse mientras el saldo continúe pendiente y durante los plazos en que pueda ser comprobado o exigida su justificación.
¿Es aplicable esta doctrina al IGIC?
La STS 988/2026 resuelve expresamente un supuesto referido al IVA. Por tanto, su doctrina jurisprudencial se formula directamente respecto de este impuesto.
No obstante, el artículo 66 bis pertenece a la Ley General Tributaria y la mecánica de los saldos a compensar del IGIC presenta una función equivalente: el exceso de cuotas soportadas deducibles puede trasladarse y aplicarse en períodos posteriores.
Existen, por ello, razones sólidas para considerar que la misma interpretación puede proyectarse sobre el IGIC: el saldo pendiente también constituye un crédito fiscal que reduce la deuda de un período posterior.
Ahora bien, debe actuarse con precisión. No puede afirmarse que la sentencia haya resuelto expresamente un caso de IGIC, sino que su razonamiento resulta razonablemente trasladable a este impuesto, sin perjuicio de las particularidades de la normativa canaria y de la interpretación que adopten la Agencia Tributaria Canaria y los tribunales.
Para empresas y autónomos de Canarias, la recomendación prudente es conservar respecto de los saldos de IGIC la misma trazabilidad documental que se exigiría para los saldos de IVA.
La sentencia cambia el criterio anterior sobre los saldos firmes
La relevancia de esta sentencia se aprecia mejor si se compara con determinados criterios anteriores.
Durante años se defendió que los saldos de IVA consignados en un período prescrito se convertían en definitivos y que Hacienda únicamente podía comprobar si el saldo trasladado coincidía con el declarado, si ya había sido consumido o si se había producido algún error en su arrastre.
La reforma de la Ley 34/2015 y la interpretación ahora realizada por el Tribunal Supremo superan esa visión respecto de los créditos fiscales sometidos al artículo 66 bis.
La prescripción del período de origen no convierte automáticamente el saldo declarado en un crédito inatacable. Si continúa utilizándose en un período posterior, Hacienda puede comprobar su realidad y cuantía dentro del plazo especial establecido legalmente.
Conclusión
Sí, Hacienda puede comprobar saldos pendientes de compensación o excesos de cuotas soportadas deducibles generados en períodos respecto de los cuales haya prescrito su derecho a liquidar.
Pero esa respuesta afirmativa requiere importantes matices.
La Administración no puede reabrir ni liquidar el período prescrito. Puede comprobar el crédito fiscal porque el contribuyente pretende utilizarlo en un período posterior todavía abierto a regularización. Además, debe hacerlo dentro del plazo de diez años, respetando el alcance del procedimiento y limitando los efectos de la regularización al período no prescrito.
La prescripción protege al contribuyente frente a una nueva liquidación del ejercicio cerrado, pero no convierte necesariamente en intangible un crédito fiscal que continúa reduciendo sus obligaciones tributarias futuras.
La principal enseñanza práctica de la STS 988/2026 es clara: mientras una empresa mantenga saldos fiscales pendientes de compensación, debe conservar no solo el dato declarado, sino también la documentación que permita demostrar su origen, realidad, cuantía y trazabilidad.
Preguntas frecuentes
1. ¿Si un período ha prescrito, Hacienda puede volver a liquidarlo?
No. Una vez prescrito el derecho del artículo 66.a) LGT, Hacienda no puede practicar una nueva liquidación correspondiente a ese período.
2. ¿Puede comprobar operaciones realizadas en ese período?
Sí, cuando resulte necesario para comprobar una obligación no prescrita y se respeten los límites establecidos en los artículos 66 bis y 115 LGT.
3. ¿Un saldo de IVA se considera una cuota pendiente de compensación?
La STS 988/2026 considera que, a estos efectos, el saldo tiene la naturaleza funcional de un crédito fiscal y queda incluido en el artículo 66 bis.2 LGT.
4. ¿Cuál es el plazo para comprobar estos saldos?
Diez años desde el día siguiente a la finalización del plazo reglamentario para presentar la autoliquidación del período en el que se generó el derecho.
5. ¿El plazo de diez años permite liquidar el período de origen?
No. El plazo ordinario para liquidar continúa siendo de cuatro años. Los diez años se refieren específicamente al inicio de la comprobación del crédito fiscal.
6. ¿Es necesario que el saldo se haya aplicado en un período no prescrito?
Sí. La doctrina se refiere a saldos que se proyectan o aplican en períodos posteriores no prescritos cuya regularización exige comprobar su realidad y cuantía.
7. ¿Puede Hacienda comprobar un saldo que simplemente permanece pendiente?
El artículo 66 bis comprende tanto créditos compensados como pendientes de compensación. No obstante, su comprobación y eventual corrección debe realizarse en el marco de un procedimiento relativo a una obligación y un período no prescritos.
8. ¿Debe aparecer la comprobación del saldo en el alcance del procedimiento?
Sí. En una inspección de alcance general se entiende incluida dentro de los límites legales. En los demás casos debe mencionarse expresamente, identificando los períodos en los que se generó el crédito fiscal.
9. ¿Qué documentación conviene conservar?
Autoliquidaciones, contabilidad, libros registro, facturas, justificantes de pago y cuadros que permitan reconstruir la generación y posterior utilización del saldo.
10. ¿Qué ocurre si el contribuyente no puede justificar el saldo?
Hacienda puede rechazar total o parcialmente su aplicación en el período no prescrito, siempre que la comprobación se haya realizado respetando los requisitos temporales y procedimentales.
11. ¿La doctrina se aplica también a bases imponibles negativas del Impuesto sobre Sociedades?
El artículo 66 bis.2 LGT también comprende las bases compensadas o pendientes de compensación. La sentencia se refiere específicamente al IVA, pero se integra en el régimen general de comprobación de créditos fiscales.
12. ¿Puede aplicarse al IGIC?
La sentencia no lo declara expresamente porque el litigio se refería al IVA. Sin embargo, la naturaleza del saldo a compensar y el carácter general del artículo 66 bis LGT permiten sostener razonablemente una aplicación equivalente al IGIC, con las cautelas derivadas de su normativa propia.
La doctrina central procede de la STS 988/2026, de 23 de julio, y los artículos 66, 66 bis y 115 pueden consultarse en el texto consolidado de la Ley General Tributaria publicado en el BOE.
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